- Địa hình và đất: Nhật Bản là một đất nước nhiều đồi núi, địa hình bị cắt xẻ phức tạp.

+ Khu vực đồi núi: chiếm khoảng 4/5 diện tích, phần lớn là núi trẻ, độ cao trung bình từ 1500 - 2000 m; có nhiều núi lửa, chiếm khoảng 10% núi lửa đang hoạt động trên thế giới. Đất đai chủ yếu là đất: pốt dôn, đất nâu...

+ Đồng bằng nhỏ hẹp và phân bố ven biển.

- Khí hậu: Nhật Bản nằm trong đới khí hậu ôn đới, mang tính chất gió mùa; phần lớn lãnh thổ có lượng mưa trên 1000 mm/năm. Khí hậu Nhật Bản phân hóa rõ rệt:

+ Theo chiều bắc - nam: Phía bắc có khí hậu ôn đới, mùa đông kéo dài, lạnh, thường xảy ra bão tuyết. Phía nam có khí hậu cận nhiệt, mùa đông ít lạnh, mùa hạ nóng, thường có mưa to và bão.

+ Theo chiều đông - tây: sự phân hóa thể hiện rõ ở đảo Hôn-su, phía đông đảo ấm, mưa nhiều vào mùa hạ, lạnh và khô ráo vào mùa đông; phía tây đảo có mùa đông lạnh hơn, nhiều tuyết.

+ Ở những khu vực địa hình núi cao, khí hậu có sự phân hóa theo độ cao.

- Sông, hồ

+ Mạng lưới sông ngòi khá dày, đa số các sông đều ngắn, dốc và có tốc độ chảy lớn. Sông dài nhất là sông Si-na-nô.

+ Có nhiều hồ, lớn nhất là hồ Bi-oa trên đảo Hôn-su. Đặc biệt, Nhật Bản có nhiều hồ núi lửa, như hồ Ku-sa-ra, Si-cốt-sư trên đảo Hô-cai-đô,…

- Sinh vật: khá phong phú, có các kiểu rừng: rừng lá kim, rừng lá rộng, rừng nhiệt đới.

+ Rừng lá kim phân bố chủ yếu ở đảo Hô-cai-đô;

+ Rừng lá rộng có ở đảo Hôn-su và Kiu-xiu.

- Khoáng sản

+ Nghèo tài nguyên khoáng sản. Các khoáng sản có trữ lượng lớn nhất là than đá và đồng, các khoáng sản khác (vàng, chì - kẽm, dầu mỏ, khí tự nhiên,...) có trữ lượng không đáng kể.

+ Nhật Bản có nhiều suối khoáng nóng tự nhiên.

- Biển:

+ Đường bờ biển dài 29000 km với vùng biển rộng không đóng băng, bờ biển nhiều vũng vịnh.

+ Vùng biển có tính đa dạng sinh học cao, có nhiều ngư trường lớn.