​Việc sử dụng yếu tố kì ảo của hai tác phẩm có nhiều điểm tương đồng. Trước hết, trong cả hai tác phẩm Chuyện chức phán sự Đền Tản Viên và truyện cổ tích Thạch Sanh đều xuất hiện những nhân vật kì ảo, không có thật. Trong Chuyện chức phán sự đền Tản Viên, hình ảnh các nhân vật kì ảo được miêu tả vô cùng chi tiết, ẩn giấu những ý nghĩa như hồn ma tướng giặc Bách hộ họ Thôi là tên tướng bại trận của Bắc Triều, cái hồn bơ vơ ở Nam Triều, tranh miếu chiếm đền Thổ Công. Đây là hiện thân của cái ác, lừa lọc, giả dối. Hay hình ảnh nhân vật Thổ Công giữ chức Ngực sự đại phu từ thời Lý Nam Đế, chết vì cần vương.. Diêm Vương là người đứng đầu Minh ti, trực tiếp phán xử vụ án giữa Tử Văn và hồn ma tướng giặc. Đây đều là những nhân vật kì ảo, không có thực, góp phần thể hiện cốt truyện. Còn trong truyện cổ tích Thạch Sanh, cũng có những nhân vật không có thực, chỉ tồn tại trong thế giới cổ tích như: Ngọc Hoàng, thái tử, chằn tinh.. , đồ vật thần kì như niêu cơm thần ăn mãi không hết, tiếng đàn giúp cho Thạch Sanh được giải oan. Tiếp đó, sự tương đồng còn được thể hiện trong mô típ của cả hai tác phẩm: vong hồn vẫn còn tồn tại sau khi chết, trong thế giới thần linh có sự phân chia Thiện- Ác… Đây là mô típ với những tình tiết khá quen thuộc xuất hiện trong nền văn học Việt Nam từ thể loại truyện cổ tích thần kì tới truyện truyền kì.

Mặc dù vậy, yếu tố kì ảo được sử dụng có những điểm khác biệt nhất định. Đầu tiên, sự xuất hiện của nhân vật chính trong cả hai tác phẩm: Truyện Chuyện Chức phán sự đền Tản Viên với nhân vật chính là Ngô Tử Văn, được tác giả giới thiệu vô cùng cụ thể: tên, nơi sinh gắn với những địa điểm có thật “huyện Yên Dũng, đất Lạng Giang”. Truyện cổ tích Thạch Sanh, nhân vật chính Thạch Sanh có nguồn gốc xuất thân kì ảo: Là thái tử do Ngọc hoàng cử xuống đầu thai làm con của hai vợ chồng già nghèo khó nhưng tốt bụng luôn giúp đỡ mọi người…Tiếp đó, sự khác nhau được thể hiện trong kết thúc truyện: Nếu như trong Chuyện Chức phán sự đền Tản Viên, Tử Văn trở về, nhận chức phán sự đền Tản Viên thì ở truyện cổ tích Thạch Sanh, Thạch Sanh được kết duyên với công chúa và được truyền lại ngôn vua. Hơn thế nữa, về giá trị của tác phẩm được thể hiện qua mô típ chuyện cũng có nhiều điểm riêng biệt: Truyện cổ tích Thạch Sanh đã đề cao triết lý sống: “ ở hiền gặp lành”, kẻ ác phải chịu báo ứng còn trong Chức phán sự đền Tản Viên đề cao sự cứng cỏi, can đảm của kẻ sĩ, đấu tranh tìm sự công bằng không phải cho mình mà cho người yếu thế.

Qua sự phân tích, đánh giá giữa những điểm tương đồng và khác biệt, ta có thể thấy yếu tố kì ảo trong thể loại truyền kì là sự kế tục của thể loại văn học dân gian: Sự xuất hiện của những nhân vật kì ảo không có thực hay là mô típ truyện có những chi tiết hoang đường, huyền ảo như: người chết sống lại, thế giới thần linh cũng phân chia thiện ác… Dòng truyện kì ảo trung đại, dù vẫn còn mang bóng dáng của văn học dân gian, nhưng đây là những sáng tác đậm dấu ấn cá nhân của tác giả, gắn liền với sự bừng ngộ, sự ý thức của con người đối với hiện thực. Cảm hứng của Nguyễn Dữ khi sáng tác Truyền kì mạn lục là lấy cái “ kì” để nói cái “ thực”.. Vì lẽ đó, yếu tố kì ảo được sử dụng như một phương thức kể chuyện khiến câu chuyện trở nên hấp dẫn, sinh động. Ngoài ra, yếu tố kì ảo và yếu tố hiện thực đan xen vào nhau, cùng tồn tại để bộ lộ tư tưởng của tác giả. Điều này khác với truyền cổ tích Thạch Sanh khi mà yếu tố kì ảo có vai trò to lớn, không thể thiếu trong sự phát triển tình tiết, giải quyết xung đột: chiếc đàn thần, niêu cơm của Thạch Sanh….